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中心的科研开发工作要贯彻执行党和国家的科教兴国战略和可持续发展战略，体现中心的经营宗旨，立足自治区和兵团的食品工业，紧紧围绕新疆特有特色资源的开发利用，进行重大课题攻关、科技成果的转化和推广，积极参与市场竞争。
科研开发发展思路：大力加强科研基础设施投入，保证重大科研课题投入，坚持专业化发展，利用新疆资源优势，使产品开发以增加科技含量为原则，特色上不断创新，主动创造消费需求，为市场竞争打下坚实的基础。不断创新科研机制，充分调动广大科技工作者的积极，力争3-5年实现五个中心建设目标，把科研作为产业来经营，全面推向市场。
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